消化器センターは消化器全ての急性期疾患、炎症性疾患、がんに対して幅広く対応しています。内科・外科との連携を緊密に行い、緊急度の高い疾患に対しても迅速に対応することをモットーとしています。消化器がんに対しては、がん薬物療法専門医が複数在籍しており、内視鏡治療や外科治療のみならず化学・放射線療法をはじめとした集学的治療を積極的に行っています。
食道がん・胃がん・大腸がん
食道・胃・大腸など消化管、および肝臓、胆のう、すい臓などの臓器疾患の診断と治療を、消化器内科・消化器外科チームを組んだ消化器センターで行っています。 昭和大学横浜市北部病院消化器センターから医師派遣をうけ、ポリープを約50倍に拡大する最新の拡大内視鏡や特殊光観察、AI内視鏡による精密診断を実施し、転移の可能性の少ない早期のがんには内視鏡（胃カメラ・大腸カメラ）を使って切除します。また、腹腔鏡を用いた体にやさしい手術も積極的に実施しています。外科手術後、補助的に抗がん剤（化学療法）も積極的に行っています。
膵がん・胆道がん
典型的な症状を生じないことが多く、超音波・CT・MRI・超音波内視鏡を用いて早期発見に努めています。治療は膵頭十二指腸切除術を中心に、根治的切除を積極的に行い、内科と共同で術後のケアや化学療法を行います。黄疸を合併することが多く、内視鏡による治療を第一選択としています。